Basis des BatchFlow-Systems stellt StockFlow dar. In die StockFlow Regale integriert sind Förderbänder mit Stollen, welche die Auftragsfelder trennen. Diese Förderbänder haben je nach Länge ein oder zwei Kommissionierübergaben und enden stirnseitig in einen Linear-Sorter, der die kommissionierten Produkte in Versandbehälter übergibt.
Durch diesen Aufbau können bis zu maximal 16 Aufträge gleichzeitig abgearbeitet werden. Eine Pickleistung von bis zu 2000 Picks / Stunde ist möglich. Die Aufträge werden vom BatchFlow-System den Übergabestationen zugeordnet und über ein Handterminal dem Bediener angezeigt. Das so gebildete Auftragsbatch wird jetzt pro Übergabestation auftragsrein kommissioniert. Jedes Produkt wird mit dem im Handterminal integrierten Scanner überprüft und auf das Förderband gelegt. Hierbei können auch mehrere Packungen neben- und übereinander gelegt werden. Es ist kein Vereinzeln der Packungen erforderlich.
Sobald eine Bestellung an der Übergabe kommissioniert worden ist, wird das Förderband weitergetaktet und der nächste Auftrag kann kommissioniert werden. Dabei verhindern Gummistollen auf dem Förderband ein Vermischen der Aufträge. Sind alle Aufträge für eine Kommissionierübergabe abgearbeitet, wird der Bediener mit Hilfe des Handterminals an die nächste Kommissionierübergabe geschickt und kann dort das nächste Auftragsbatch kommissionieren.
Die kommissionierten Produkte werden am Ende des Förderbandes vom Sorter übernommen und in die richtige Auftragswanne befördert. Sobald alle Aufträge fertig sind, wird der Bediener aufgefordert, die Wannen zu tauschen. Gleichzeitig wird ein Wannenbegleitzettel und eine Kommissionierliste gedruckt. Bei diesem Wannenwechsel wird dem Bediener noch die Information über das Handterminal gegeben, ob in eine Wanne noch Produkte, die nicht im StockFlow-Bereich liegen, dazu gepackt werden müssen. Erst nach dieser manuellen Zugabe wird die Kommissionierliste und der Lieferschein gedruckt.